El procesamiento y presentación de antígenos son los medios por los cuales los antígenos se asocian con las moléculas MHC propias para la presentación a las células T con los receptores apropiados. Las proteínas de antígenos exógenos, como bacterias, son internalizadas por medio de vesículas endocíticas hacia las células presentadoras de antígeno, como los diversos tipos de células dendríticas y macrófagos. Las moléculas MHC de clase II se sintetizan, al igual que otras glucoproteínas de membrana, en el retículo endoplásmico rugoso y son procesadas a través del aparato de Golgi. El complejo de antígeno-péptido MHC de clase II se transporta a la superficie celular para su desplazamiento de reconocimiento por los receptores de linfocitos T del de linfocitos T CD4. Los antígenos endógenos (p. ej., proteínas virales citosólicas sintetizadas en una célula infectada) son procesados por la presentación de moléculas MHC de clase I. Algunos de los pasos involucrados se muestran en la fi gura 8-7. En breve, las proteínas citosólicas son desdobladas por un complejo proteolítico conocido como proteasoma. El péptido citosólico gana el acceso a las moléculas MHC de clase I naciente en el retículo endoplásmico rugoso a través de sistemas de transporte de péptidos (transportadores asociados con procesamiento de antígenos; TAP).La comprensión de los detalles del procesamiento de antígenos ha clarificado la comprensión con respecto a la función de la linfocitos T. Así, ahora se comprende por qué los linfocitos T no responden a los antígenos de carbohidratos (no podrían ajustarse en el surco) y por qué los linfocitos T reconocen sólo determinantes antigénicos lineales (responden sólo a antígenos con procesamiento proteolítico). Si un antígeno es destinado para la presentación de clase I o II depende sólo de los compartimientos intracelulares que atraviese. Varios virus intentan superar la respuesta inmunitaria al interferir con las vías de procesamiento de antígenos. Por ejemplo, en el caso de VIH, la proteína Tat es capaz de inhibir la expresión de moléculas MHC de clase I. La proteína del herpesvirus se une a una proteína transportadora (TAP), lo que evita el transporte de péptidos virales hacia el retículo endoplásmico, donde se sintetizan las moléculas de clase I. La concentración sérica de anticuerpos continúa incrementándose por varias semanas y más tarde disminuye; puede caer a concentraciones muy bajas. Los primeros anticuerpos formados son IgM, seguidos de IgG, IgA o ambos. Las concentraciones de IgM tienden a reducir más rápido que las concentraciones de IgG.
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